Le grotte sono caratterizzate dall'assenza di luce, fattore che determina una forte selezione rispetto alla presenza di organismi vegetali nell'ecosistema ipogeo. Infatti, le piante hanno la necessità di utilizzare l'energia luminosa per espletare i processi metabolici della fotosintesi, indispensabili per la loro vita. La presenza di organismi vegetali si ferma in prossimità degli accessi delle grotte e scompare man mano che la luce diminuisce fino a cessare totalmente. Scendendo in profondità o allontanandoci dall'accesso, la presenza di piante si riduce progressivamente. In prossimità di zone molto limitate, che anche per poche ore al giorno possono essere raggiunte da raggi luminosi, si possono notare delle zone di colore verde costituite da colonie di microrganismi fotosintetici facoltativi ed organismi algali. Alcuni microrganismi, infatti, possono vivere anche in assenza di luce potendo utilizzare altre vie metaboliche e, solo quando la luce diventa disponibile, attivare i processi fotosintetici. Ciò, spiega come in alcune grotte (quelle turistiche), l'apporto di luce artificiale determina la crescita di pigmento verde su rocce e concrezioni (anche in zone dove naturalmente la luce non sarebbe mai giunta) proprio per la presenza di organismi fotosintetici facoltativi.

L'assenza di luce e la impossibilità di espletare i processi fotosintetici, impedisce la presenza di piante all'interno delle grotte. Delle piante però, "troviamo in grotta molto spesso i loro apparati radicali, che attraverso il terreno, le fratture della roccia ed i giunti di strato, si spingono all'interno delle cavità sotterranee nelle quali si sviluppano in maniera anche vistosa. Le radici infatti non sono deputate (come la parte superiore delle piante) alla fotosintesi, bensì alla ricerca di acqua e sostanze minerali (chemiotrofismo). Esse infatti nelle grotte, con un tasso di umidità molto alto e pressoché costante, trovano un habitat ideale per il loro sviluppo. Le stesse radici svolgono un ruolo importante nei processi di carsificazione. Infatti, con la loro progressione nel sottosuolo, determinano allargamenti nelle fratture, permettendo un maggiore passaggio di acqua. Talvolta le acque di stillicidio possono determinare sulle radici il concrezionamento. Le radici così ricoperte da uno strato di calcite in cui restano inqlobate, sono chiamate rizoliti.